Skolegudstjenesten har lange tradisjoner i Norge. I dag begrunnes den pedagogisk og i den overordna delen av skolens læreplan. Skolegudstjenesten skal ikke ivareta kompetansemål i ett bestemt fag, og regnes ikke som en del av KRLE-faget. Den knyttes til skolens arbeid med kultur- og tradisjonsformidling, særlig knyttet til høytidene. Gudstjenestene er ofte planlagt i godt og nært samarbeid mellom kirke og skole.  Ifølge Utdanningsdirektoratets veileder til skolegudstjeneste fra 2018, er det skoleeier som avgjør deltakelse på skolegudstjenester. Den sier også at "Skolen bør involvere foreldrene i dialog om deltakelse i og gjennomføring av skolegudstjenester og hva som kan være et alternativt tilbud. Dette kan for eksempel gjøres i samarbeidsutvalget, foreldrerådet eller FAU." (Utdanningsdirektoratet 2018).

Høytidsmarkering
De kristne høytidene preger årsrytmen. Jul og påske (i mindre grad pinse) er høytider som i svært stor grad preger samfunnet vårt i perioder av året. Skolegudstjenester kan bidra til at elevene lærer om hvordan høytider markeres i den kristne kirke. Elever lærer bedre gjennom autentiske opplevelser. På samme måte som elevene lærer mer av å gå til et galleri for å lære om et kunstverk, lærer de mer om gudstjeneste ved å delta i en, enn ved teoriundervisning i klasserommet. En gudstjeneste kan også gi elevene større forståelse for, og bedre kjennskap til, det kristne innholdet i høytidene.

Skolegudstjenester er gudstjenester som tilpasses elevgruppen, men som samtidig skal være "ordentlige gudstjenester" som kirken inviterer til. Gjensidig tillit og godt samarbeid mellom kirke og skole er viktig som grunnlag for skolegudstjenesten. Skolen må, ut fra en pedagogisk vurdering, oppleve at tilbudet er verdifullt, og den må ha tillit til at kirken følger spillereglene. Dersom en skole ikke ønsker skolegudstjeneste, er det mulig å markere de kristne høytidene på andre måter, for eksempel med en samling i kirken i adventstiden, julevandring eller lignende.

Høsten 2021 kommer en ny og oppdatert bok fra IKO om skole-kirkesamarbeid som også har et kapittel som omhandler skolegudstjeneste.